爱心医疗服务基地由秘书部、疾病康复部、爱心行动部、思想品德部、临床部、教学部和科研部七个部门组成，分别由附属医院干保科党小组成员和临床医学院学生党支部成员担任各部门的部长及副部长。

通过部门的设置，爱心医疗服务基地将定位为政治思想教育基地、专业教学基地、科研基地和专业实践基地。为医学生早期接触临床提供有利的条件。

通过医务人员、学生党员、病人的交流互动，培养医学生的职业道德，提高学生党员与他人的沟通能力。